Pe patul de moarte, Cuza şi-a exprimat dorinţa de a fi înmormântat la Ruginoasa. Aşa s-a şi făcut.
În timpul celui de-al Doilea Război Mondial, Ruginoasa s-a aflat pe linia frontului.
La 1944, rămăşiţele sale pământeşti au fost mutate la Curtea de Argeş, iar la 1946 au fost mutate, din nou, la Biserica Trei Ierarhi din Iaşi, unde odihnesc şi acum.
Bombardamentele au afectat grav Palatul de la Ruginoasa, iar după două decenii de paragină a trecut printr-un proces de restaurare (1969-1979), fiind deschis publicului, ca muzeu, în anul 1982.
Penultima și ultima data la Ruginoasa
Domnitorul a mers la Ruginoasa, după ce a asistat la Galați la înmormântarea mamei sale Sultana Cuza, decedată la 20 mai 1865.
El însuși, suferind de inimă, a fost greu recunoscut de sătenii din Ruginoasa, pentru că slăbise și arăta îmbătrânit.
Elena Doamna a fost cea care l-a convins să plece în străinătate pentru a se trata, fiind însoțit de Iordache Lambrino, Zizin Cantacuzino și Pisoski. La întoarcere în țară, s-a oprit la Ruginoasa, fără să bănuiască că era ultima vizită pe acest domeniu, pe care l-a părăsit în ziua de 22 august 1865, când s-a îndreptat spre București.
Garda de Onoare
Alexandru Ioan Cuza a fost înmormântat îmbrăcat civil, iar la picioare au fost depuse două săbii primite în dar de la două județe.
Garda de onoare de lângă catafalc, la solicitarea Elenei Cuza, a fost alcătuită numai din țărani din Ruginoasa și Bărboși, îmbrăcați în costume naționale.
La inițiativa Comitetului Național din Iași, sicriul a fost acoperit cu un tricolor pe care au fost înscrise marile lui realizări: Unirea, emanciparea țăranilor, Universitatea, Pinacoteca, independența bisericii și secularizarea averilor mănăstirești.
Înmormântarea a fost oficiată de Mitropolitul Moldovei și un sobor de preoți.