Sovieticii preiau controlul în Afganistan pe 27 decembrie 1979
Cu toate acestea, noul guvern și prezența sovietică impunătoare nu au avut prea mult succes în reprimarea rebelilor antiguvernamentali. Astfel au început aproape 10 ani de intervenție militară sovietică în Afganistan, agonizantă, distructivă și, în cele din urmă, inutilă.
În mod ironic, Karmal a răsturnat și ucis un alt comunist afgan, Hafizullah Amin, pentru a prelua puterea. Guvernul lui Amin a devenit nepopular și instabil după ce a încercat să instaureze un regim comunist dur, a declarat un regim de partid unic și a abolit constituția afgană. Musulmanii din națiune i-au respins guvernarea și au format o forță rebelă, Mujahedinii. Când a devenit evident că Amin nu putea controla rebeliunea, trupele sovietice au intervenit și au pus la putere un conducător marionetă, Karmal. Pentru sovietici, turbulențele politice din această națiune limitrofă, care era văzută de unii oficiali ca un potențial aliat util în urmărirea intereselor sale în Orientul Mijlociu, erau inacceptabile.
Intervenția sovietică a costat scump Rusia. Războiul civil aparent nesfârșit din Afganistan s-a soldat cu mii de morți sovietici și costuri financiare imense. De asemenea, a pus capăt brusc erei de destindere dintre Statele Unite și Uniunea Sovietică, care a început în anii Nixon. Ca răspuns la intervenția sovietică, președintele Jimmy Carter a retras acordul SALT II din atenția Congresului. Tratatul, care fusese semnat în iunie 1979, a fost conceput pentru a stabili paritatea în materie de arme nucleare între Statele Unite și Uniunea Sovietică. Carter a oprit, de asemenea, livrările de cereale către Uniunea Sovietică și a ordonat boicotarea de către SUA a Jocurilor Olimpice din 1980, care urmau să aibă loc la Moscova.