Complotistul care a scăpat
Întrucât președintele Johnson nu a dat nicio explicație pentru acest gest, este imposibil de aflat motivul pentru care acesta a decis să-l ierte pe Arnold. Cu toate acestea, istoricii au oferit câteva ipoteze.
Primul motiv este reprezentat de o posibilă dezbaterea cu privire la faptul că Arnold nu ar fi fost implicat în asasinarea fostului președinte. Cu toate că existau dovezi concrete care susțineau că Arnold făcuse parte din acest complot pentru răpirea lui Lincoln în martie 1865, planul ar fi fost răscumpărarea președintelui în schimbul prizonierilor.
Chiar și așa, planul nu a reușit niciodată să se materializeze din cauza schimbării programului lui Lincoln, iar Arnold a părut să abandoneze acel complot. O lună mai târziu, unul dintre membrii complotului, John Wilkes Booth, l-a împușcat pe președinte în cap în timpul unui spectacol de teatru din Washington.
Deși scrisorile păreau să ofere dovezi privind implicarea lui Arnold în conspirația pentru răpirea lui Abraham Lincoln, dovezile implicării sale în asasinat erau mult mai puține. Avocatul lui Arnold, Walter Cox, a susținut că acesta „s-a retras din această schemă de capturare”, fiind demonstrat de faptul că fostul soldat a părăsit Washingtonul în martie, cu o lună înainte de asasinarea lui Lincoln. Cu toate acestea, tribunalul militar l-a găsit vinovat pe Arnold și l-a condamnat la închisoare pe viață în Florida.
Grațiere oferită printr-o proclamație
Un alt motiv pentru grațierea acestuia ar fi putut fi atenția primită de colegul de celulă a lui Arnold, Samuel Mudd, un medic din Maryland care îl întâlnise pe John Wilkes Booth înainte de a avea loc asasinatul. Deși Mudd a susținut că l-a ajutat pe Booth punându-i piciorul în ghips, doar pentru că era medic, acesta nu a scăpat de condamnarea pe viață.
Mudd și Arnold au fost colegi de celulă până când febra galbenă a străpuns închisoarea, ucigându-l pe medicul Joseph Smith. Drept urmare, Mudd a fost plasat la conducerea îngrijirilor medicale a închisorii. Un soldat a scris despre experiența sa și i-a cerut președintelui Johnson să ofere iertare lui Mudd în schimbul muncii sale. În acest context, deși Arnold nu a fost implicat în echipa medicală, acesta a primit grațierea la opt săptămâni după Mudd.
Nu în ultimul rând, istoricii au considerat că președintele Johnson, concentrat pe refacerea țării după războiul civil, a emis o proclamație pe 29 mai 1865 în care oferea amnistie oficialilor și soldaților, cu condiția ca aceștia să jure loialitate față de Statele Unite și să elibereze sclavii de sub robie.
