„Ieremiia-vodă, domnul Moldovei … trimise cărţi la Batâr Andreiaş, cum să fie amândoi una şi să scoaţă pre Mihai vodă din mijlocul lor. Şi de nu va ieşi de voie, ei să rădice oşti asupra lui să-l prinză, să-l dea turcilor. Şi Batâr Andreiaş fu bucuros acelui sfat rău”, se arată în LetopisețulCantacuzinesc Drept urmare, Mihai decide să cucerească cele două ţări.
În prima fază, el propune împăratului habsburg Rudolf al II-lea să acţioneze împreună pentru îndepărtarea lui Andrei Báthory, dar acesta refuză, datorită problemelor pe care le avea cu otomanii în Ungaria Inferioară şi, mai ales a opoziţiei generalului Giorgio Basta, comandantul trupelor imperiale. Înainte de a trece la înfăptuirea obiectivului propus, domnul muntean are grijă să convingă pe toate căile diplomatice conducerile celor două imperii, Habsburgic şi Otoman, că gestul său nu le lezează interesele.
După ce asigură hotarele, care urmau a fi apărate de vornicul Dumitru cu 5 000 de oameni, Mihai Viteazul porneşte spre Transilvania. Oastea munteană urmează două direcţii: cea mai mare parte, sub conducerea domnitorului, trece prin văile Buzăului şi a Teleajenului; cealaltă, condusă de Udrea Băleanu, Baba Novac şi boierii Buzeşti, pătrunde prin Valea Oltului, înaintând spre Sibiu. Cele două coloane fac joncţiunea, la 16/26 octombrie 1599, la Tălmaciu, lângă Sibiu. Peste două zile, cele două oşti s-au întâlnit la Șelimbăr, în județul Sibiu de astăzi. Mihai Viteazul dispunea de circa 20.000 de oameni (în mare parte mercenari, oaste de ţară, haiduci balcanici şi secui) şi 180 de tunuri și își dispune armata pe trei linii.
În prima linie, Baba Novac şi haiducii lui apărau aripa stângă, corpul de oaste condus de aga Leca, pe cea dreaptă, iar în centru era corpul de călăreţi ai banului Mihalcea. Linia a doua era alcătuită din 8 000 de călăreţi, iar cea de-a treia, din care făceau parte cetele boierilor şi garda domnului, asigura rezerva.
Andrei Báthory dispunea doar de circa 16.000 de oşteni, puşi sub comanda lui Gáspár Kórnis (căpitan general al oştirii transilvănene), dispuşi de asemenea în trei linii.
Prima, avea aripile asigurate de infanterie, în mijlocul acestora era corpul de cavalerie condus de Moise Székely, a doua linie era formată din pedestraşi şi era comandată de Melchior Bogáthi, iar a treia linie era alcătuită din corpurile de oaste nobiliare. Spatele armatei ardelene era apărat de zidurile Sibiului, pe care erau amplasate 45 de tunuri.
Ostilitățile sunt deschide de armata valahă. Primul atac îi aparține lui Baba Novac, care destabilizează flancul drept al oastei lui Báthory. După contraatacul oştirii inamice, este atacat centrul transilvan aflat sub comanda lui Moise Székely, care cedează şi pierde drapelul cel mare al principelui.
După respingerea aripii stângi a muntenilor de către Petru Huszar, este rândul domnului să intre personal în luptă cu trupele de rezervă obligându-i pe ardeleni să se retragă în dezordine. Principele Andrei Báthory fuge, încercând să se refugieze în Moldova, dar este prins şi decapitat de secui.
Bilanțul bătăliei este unul dramatic: oastea transilvană a pierdut 3000 de oameni (20% din efective), alți 1000 find răniți sau luați prizonieri. Și în rândurile muntene pierderile au fost mari. Morții au fost strânși de locuitorii Sibiului și îngropați într-un loc care se numește până astăzi „Movila lui Mihai”.
După victoria de la Șelimbăr, domnitorul, în drum spre Alba Iulia, este primit cu entuziasm în toate localitățile de pe drum.
La 22 octombrie/1 noiembrie 1599, Mihai Viteazul, „călare pe roibul său de sânge nobil…, plin de demnitate, mândru şi îmbrăcat prea împodobit chiar”, pătrunde în Alba Iulia, unde, după ce a pus „stările să jure [credinţă] întâi împăratului, pe urmă lui însuşi şi apoi fiului său” (cf. cronicarul maghiar István Szamosközy), începe introducerea administraţiei româneşti.
