Se consideră însă că Mitropolia Moldovei a luat fiinţă, cu statut canonic recunoscut de Patriarhia ecumenică, înaintea acestei date, în perioada 1381-1386.
Recunoaşterea noii organizări bisericeşti din Moldova a fost obţinută de Petru I Muşat, domn al Moldovei (1375-1391), înaintea datei menţionate, iar primii ierarhi ai noii mitropolii au fost de neam grec, numiţi de Patriarhia ecumenică, ca şi în cazul Mitropoliei Ungrovlahiei.
În Moldova, ca şi în cazul Ţării Româneşti, constituirea statului de sine stătător a făcut necesară organizarea ierarhiei bisericeşti.
În Moldova primii ierarhi ortodocşi ar fi avut reşedinţa la Rădăuţi, având drept catedrală ctitoria lui Bogdan I, cu hramul Sfântului Ierarh Nicolae.
Conflictul
La scurt timp după recunoaşterea Mitropoliei Moldovei de către Patriarhia ecumenică, s-a iscat un conflict generat de refuzul domnilor din Moldova de a mai accepta ca Biserica să fie condusă de ierarhi greci.
Petru I Muşat a cerut mitropolitului Antonie al Haliciului să hirotonisească doi ierarhi moldoveni. Unul dintre aceştia era Iosif, o rudă a domnului moldovean.
În acelaşi timp, Petru Muşat a cerut Patriarhiei ecumenice, care gestiona mitropolia Haliciului, recunoaşterea lui Iosif ca mitropolit al Sucevei, unde se mutase scaunul domnesc şi, de asemenea, recunoaşterea celuilalt ierarh ca episcop în scaunul de la Rădăuţi.
Se urmărea prin aceasta, de fapt, recunoaşterea din partea Patriarhiei ecumenice a independenţei statului românesc de la est de Carpaţi şi implicit a unei unităţi ecleziale canonice cu jurisdicţie administrativă în teritoriul său.
Această cerere a fost acceptată, însă recunoaşterea unui ierarh local contravenea practicilor Patriarhiei ecumenice, care, atunci când aproba înfiinţarea unei unităţi ecleziale, îşi trimitea propriul ierarh.
Patriarhia s-a împotrivit recunoaşterii lui Iosif ca mitropolit la Suceava şi a hirotonit un grec pentru scaunul mitropolitan din Moldova, Teodosie, care a încercat să-şi ocupe scaunul în 1391.
Petru Muşat a refuzat să-l primească în Moldova.
O nouă tentativă a Patriarhiei ecumenice de a trimite, în 1392, ca mitropolit în Moldova, pe un grec, Ieremia, a agravat conflictul dintre domnii Moldovei şi Patriarhie.
Succesorul lui Petru Muşat, Roman I (1391-1394), l-a silit pe mitropolitul grec, care venise în Moldova, să se întoarcă la sud de Dunăre.
În context, pentru credincioşii din Moldova, domni, dregători şi cler, Patriarhia ecumenică a dat anatema (excludere din Biserică).
Încercările domnitorului Ştefan I (1394-1399), succesorul lui Roman I, de a stinge conflictul cu Patriarhia nu a cunoscut vreun rezultat.
În chip similar, încercările Patriarhiei ecumenice de la Constantinopol de a-şi impune proprii ierarhi în Moldova au fost sortite eşecului.
Solia
Situaţia avea să-şi găsească rezolvare în vremea domniei lui Alexandru cel Bun (1400-1432).
Solia trimisă de el la Constantinopol a fost primită cu bunăvoinţă de patriarhul Matei I (1397-1410).
La 26 iulie 1401, printr-o Gramata patriarhală şi o scrisoare către domnitorul Moldovei, patriarhul l-a recunoscut pe Iosif Muşat ca mitropolit al Moldovei, cu reşedinţa la Suceava
