Bunica Mariei, Margaret, era sora mai mare a lui Henric al VIII-lea, tatăl Elisabetei. După ce Henric al VIII-lea a rupt relația cu Biserica Catolică (ca urmare a divorțului de prima sa soție, Ecaterina de Aragon), catolicii i-au considerat pe toți urmașii regelui drept nelegitimi. Unul dintre acești urmași a fost chiar Elisabeta. Nobilii și lorzii preponderent catolici din Scoția susțineau că moștenitoarea de drept a tronului Angliei, după moartea Mariei I (cunoscută și ca „Bloody Mary”), era Maria, regina Scoției. Revendicarea dreptului Mariei la tronul englez a primit sprijin inclusiv din partea catolicilor din Anglia.

La un moment dat, francezii chiar au susținut pretențiile Mariei. Socrul Mariei din prima căsătorie, regele Henri al II-lea al Franței, a desfășurat o campanie viguroasă pentru a o plasa pe Maria în linia de succesiune la tronul englez. Cu toate acestea, niciunul dintre aceste demersuri nu s-a materializat. După o serie de presupuse scandaluri conjugale, nobilii și lorzii din Scoția au forțat-o pe Maria să abdice de la tron în 1567.

Lăsând totul în urmă, inclusiv pe fiul ei în vârstă de un an- Iacob (mai târziu regele Iacob al VI-lea), Maria a fugit apoi în Anglia, unde a fost în cele din urmă decapitată sub acuzația de trădare. Înainte de moartea Mariei, în 1587, Elisabeta a plasat-o pe Maria în arest la domiciliu timp de aproape două decenii.

Istoricii consideră că executarea Mariei a fost una dintre cele mai dificile acțiuni pe care regina Elisabeta I a trebuit să le întreprindă în timpul celor 44 de ani de domnie pe tronul englez.

Moartea Mariei a declanșat o confruntare directă între Anglia și restul Europei

Franța și Spania, dominate predominant de catolici, au fost revoltate de acțiunile Elisabetei. Au fost elaborate mai multe planuri de a ataca Anglia și de a învinge orice urmă de protestantism din Anglia. Cu toate acestea, toată această furie s-a stins. Elisabeta I a gestionat cu delicatețe repercusiunile cu puterile europene. A reușit să facă acest lucru evitând să-i asuprească pe catolicii din Anglia. De altfel, pentru că nu a avut niciun moștenitor, Iacob al VI-lea al Scoției (fiul Mariei), a moștenit coroana engleză după moartea Elisabetei.

Într-o scrisoare trimisă de Elisabeta I fiului Mariei (regele Iacob al VI-lea), suverana și-a cerut scuze pentru că nu a oprit execuția Mariei. Aceasta a aruncat vina pe William Davison, secretarul ei.