În 18 aprilie 1957 a fost rearestat, condamnat de Tribunalul Militar al Regiunii a II-a Bucureşti, prin Sentinţa nr. 215 din 24 octombrie 1957, la 12 ani temniţă grea şi 6 ani degradare civică pentru „crima de înaltă trădare” şi la 8 ani închisoare corecţională, 5 ani interdicţie corecţională pentru „uneltire contra ordinei sociale”.
La 26 octombrie 1957 a fost înaintat recursul, însă a decedat cinci zile mai târziu în arestul Ministerului de Interne. Avea 71 de ani.
„Pe cap, în regiunea parietală stângă”, medicul legist, dr. Al. Ionescu, a mai remarcat „o crustă de contuzie roşie brună […], reprezentând urma unei loviri cu sau de un corp dur fără nici o fractură craniană”, care putea data de 7-10 zile”, se arată într-un articol scris de Claudiu Secaşiu despre detenţia lui Zenovie Pâclişanu
Doctor în teologie și istorie
A urmat cursurile inferioare ale Liceului Majlath Gusztav din Alba Iulia, și le-a continuat la Gimnaziul Greco-Catolic din Blaj (1898-1906).
Ca bursier al Mitropoliei Române Unite din Blaj, a plecat la Budapesta unde a audiat între anii 1906-1910 cursurile Facultății de Teologie, în cadrul Universității Ungare Regale de Științe, după care, între anii 1910-1916, ca membru al Institutului Augustineum, a urmat cursurile Facultății de Teologie a Universității din Viena.
La sfârșitul studiilor a obținut titlul de doctor în teologie și istorie susținând, la 4 decembrie 1916, dizertația „Relatio Rumenorum e terris coronae Sancti Stephani ad reformationem soec. XVI et XVII”, întocmită sub conducerea profesorului Cölestin Wolfsgruber.
După încheierea studiilor universitare de la Viena, Zenovie Pâclișanu a revenit la Blaj, unde a activat pentru un timp ca profesor la Academia Teologică Greco-Catolică iar între anii 1916-1919 a fost bibliotecar la Biblioteca Arhidiecezană.
Papa Pius al XI-lea i-a acordat în perioada interbelică distincția de prelat papal.
