În 1959 a fost dus la penitenciarul Aiud, unde a fost ținut luni întregi în regim de izolare.
A fost eliberat în 1963.
Din ianuarie 1963, odată cu eliberarea de la Aiud, a ocupat funcția de funcționar la Sfântul Sinod, reluându-și în octombrie postul la catedră Facultății de Teologie.
Întregul dosar de Securitate al lui Dumitru Stănilaoe a fost studiat de colegul nostru istoricul Florian Bichir.
Arestat în lotul Rugul Aprins, părintele a semnat un acord cu Securitatea.
Riscând să fie rearestat el ia o decizie pe care puțini oameni ar fi luat-o în acele vremuri.