Suspect de a fi spion
Nu pare să existe prea multe dovezi ale faptului că Marlowe ar fi avut legătură cu spionajul, însă unele informații prezintă această ipoteză destul de corect. Marlowe a trăit în Anglia în timpul reginei Elisabeta I, epocă plină de lupte religioase și politice. Regina avea un grup de consilieri cunoscut sub numele de Consiliul privat, Walsingham fiind membru al acestui consiliu și cel care a investit timp în a crea o rețea de spioni, prin care a reușit să împiedice posibilele comploturi împotriva reginei.
În cazul lui Marlowe, anumite detalii din biografia sa pot trimite cu gândul că acesta ar fi fost unul dintre spionii reginei. Marlowe a dispărut de la facultate pentru diferite perioade de timp, uneori având prea mulți bani pentru un student sărac. Când universitatea s-a opus să-i ofere masteratul în anii 1580, Consiliul privat a intervenit trimițând facultății o scrisoare în care se afirma că Marlowe lucra „la chestiuni care țin de beneficiul țării sale”.
O altă întorsătură interesantă din această poveste este legătura personală a lui Marlowe cu familia Walsingham. Patronul său, Thomas Walsingham, o rudă a lui Francis Walsingham, care făcuse și el munca de informații pentru coroana britanică, care l-a ajutat pe Marlowe atunci când acesta a fost arestat în Olanda în 1592 pentru rolul său într-o operațiune de monede contrafăcute. Acesta nu a fost niciodată urmărit penal pentru presupusa infracțiune.
Opiniile critice asupra religiei ale lui Marlowe i-au cauzat probleme, acesta punând la îndoială credința țării sale. A avut probleme serioase în 1593 când au fost descoperite documente anti-religioase care i-au fost atribuite. Dramaturgul Thomas Kyd, fost coleg de cameră al lui Marlowe, avea hârtiile acestuia atunci când a fost arestat pentru trădare, Kyd spunându-le autorităților că Marlowe le-a scris.
Asasinarea lui Marlowe
Pe 20 mai 1593, Marlowe a fost arestat pentru că era ateu. Infracțiunea putea aduce o condamnare la moarte, iar o posibilă metodă de execuție era arderea pe rug. Marlowe a fost eliberat în așteptarea procesului său, însă nu a ajuns niciodată în instanță.
Povestea oficială a fost că Marlowe mânca împreună cu trei oameni la o tavernă din Deptford atunci când a izbucnit o luptă între Marlowe și Ingram Frizer din cauza notei de plată. Frizer l-a înjunghiat pe Marlowe, ceea ce a dus la moartea sa. Cu timpul au apărut și alte teorii despre moartea lui Marlowe, considerându-se că acesta a fost ținta unor asasini și că regina ordonase ca acesta să fie ucis. O altă idee născocită de diverși a fost că acesta și-a falsificat moartea și a început să scrie sub numele de William Shakespeare.
