În aceste condiții a început pregătirea pentru „reorganizarea” Ministerului de Externe, prin epurarea unor diplomați considerați fideli ai regimului anterior, aducerea în funcții a unor militanți și simpatizanți legionari și crearea condițiilor pentru acapararea totală a diplomației de către legionari, în baza unei noi legi de organizare sub pretextul înnoirii statului pe baza principiilor de competență și merit, singurul criteriu de promovare fiind de fapt apartenența politică legionară.
Printre măsurile puse în practică s-au numărat epurarea ultimilor funcționari de origine evreiască și încercarea de înlocuire a tuturor angajaților străini cu funcționari români, precum și a femeilor angajate, cu motivația că „în general, se va căuta să se treacă în cadrul disponibil personalul feminin a căror soți sau familii au suficiente mijloace de trai”.
Deciziile luate au provocat haos, pentru anumite funcții precum traducătorii din limbi străine și dactilografele negăsindu-se pur și simplu bărbați legionari care să îi înlocuiască!
Toate aceste intervenții arbitrare și reglementări haotice îngreunau activitatea Ministerului Afacerilor Străine, pe lângă care fuseseră create Comisariatele Generale pentru refugiații din Dobrogea, din Basarabia și Nordul Bucovinei și din Transilvania de Nord.
Insubordonarea fățișă a noului ministru de externe legionar, pe fondul dezacordului crescând dintre Horia Sima și Ion Antonescu, l-au determinat pe general să preia personal conducerea Ministerului Afacerilor Străine, la 20 decembrie 1940, funcție deținută până la 30 iunie 1941.
Conflictul deschis izbucnit între foștii parteneri, prin rebeliunea legionară din 21-23 ianuarie 1941, a stopat definitiv proiectul de transformare într-o instituție legionară a Ministerului Afacerilor Străine, Statul Național-Legionar fiind abrogat în mod oficial la 14 februarie 1941, când s-a instaurat dictatura militară a generalului Ion Antonescu.
