El va fi acuzat în principal de încălcarea Convenției de la Geneva, pentru că a folosit acele uniforme americane pentru a înșela aliații.
Dar americanii înșiși îi vor salva: parțial pentru că și alții au folosit același truc pentru a lovi inamicul din spate; parțial pentru că OSS (care câțiva ani mai târziu va deveni CIA) pusese deja ochii pe el, pentru a-l folosi, așa cum a făcut pentru mulți alți naziști, împotriva sovieticilor. În acel conflict bipolar care se profilează deja asupra lumilor.
Cu toate acestea, condamnat să ispășească o scurtă pedeapsă în închisoare, a reușit să scape cu ajutorul unor complici neidentificați, să ajungă în Spania lui Franco, de unde naziștii se refugiau în America de Sud. Acolo își va reface viața, căsătorindu-se după ce fusese – se zvonea – unul dintre iubiții Evitei Peron.
Ducea o viață aparent liniștită, cel puțin până într-o zi fierbinte din august 1962, când doi bărbați prezentați ca agenți NATO s-au dovedit a fi doi spioni israelieni care s-au chinuit să-l caute până la Madrid.
Așezat în fața lor, în holul vilei sale, el va întreba calm, dar cu un revolver încărcat în mână: „Ai venit să mă omori, așa cum ai făcut cu Eichmann?”. Răspunsul lui Zvi Zamir (viitorul șef al serviciilor secrete israeliene) îl va surprinde.
Mossad voia să-l plătească să omoare alți naziști în schimbul unei promisiuni: garanția de a nu-l lăsa pe lista „Institutului” și a vânătorilor de naziști ai lui Wiesenthal.
La urma urmei, Skorzeny arătase că era „conștient” de vendetele evreiești.
Tinta noii sale misiuni periculoase era Heinz Krug, un om de știință german care lucrase la programul de rachete naziste de la bază din Peenemünde – unde au fost dezvoltate bombele zburătoare V1 și V2.
Omul refuzase oferta lui Von Braun de a trece de partea americanilor, preferând programul de rachete egiptene.
Dacă regimul de la Cairo ar fi obținut supremația strategică în Orientul Mijlociu, ar fi distrus mai întâi noul stat evreu. Și aceasta a fost una dintre primele probleme ale Mossadului.
Astfel, fostul erou nazist, împreună cu Yitzhak Shamir, viitorul prim-ministru al Israelului, și Zvi Malkin, membru al echipei care l-a răpit pe Eichmann în Argentina, îl vor face pe omul de știință să dispară, omorându-l cu o lovitură la cap într-o pădure din la marginea orașului München, în fața noilor săi recrutori.
O metodă pe care SS o cunoștea bine – mai ales cei ca Skorzeny care serviseră pe frontul de est.
Colaborarea dintre el și Mossad va dura până în 1965, când este demascat în Egipt. Dar nu acesta va fi sfârșitul vieții sale periculoase.
