A fost botezat la vârstă de 20 de ani și a studiat filosofia, sub îndrumarea lui Andragatiu, iar retorică cu Libaniu.
A fost hirotonit diacon de către Arhiepiscopul Meletie (381), și preot de către Flavian, urmașul lui Meletie (386).
După moartea lui Nectarie, patriarhul Constantinopolului, Sfântul Ioan a fost ales patriarh al Constantinopolului, fiind hirotonit de patriarhul Teofil al Alexandriei, la 28 februarie 398.
Ioan reformează cetatea și preoțimea, care se aflau într-o mare stare de decădere. Astfel, el suprima luxul reședinței episcopale, introducând traiul modest.
Criticile sale îndreptate împotriva corupției i-au adus mulți dușmani. Dușmanul sau cel mai important a fost Teofil de Alexandria.
Animozitățile sunt intensificate după ce Ioan Gură de Aur îi primește pe Frații Lungi, acuzați de origenism și alungați din Egipt de patriarhul Teofil, pe care îi găzduiește, fără a intră în comuniune cu ei.
Amintim că deși Frații Lungi i-au adresat lui Ioan o plângere împotriva lui Teofil, acesta nu o ia în considerare.
Împărăteasa Eudoxia, îl convoacă pe Ioan la un sinod la Stejar, spre a se dezvinovăți de acuzele aduse. Ioan nu se prezintă la sinod și pentru acest fapt este depus în anul 403.
Împăratul ratifică hotărârea sinodului și îl trimite pe Ioan în exil în Bitinia. Acest exil nu a durat multă vreme, deoarece este rechemat în scaun.
