Însă, în vara anului 1948, Academia primea cea mai grea lovitură din istoria ei de peste opt decenii.
Decapitarea şi epurarea masivă a acesteia n-au fost decât preludiul degradării intelectuale şi instituţionale, timp de patru decenii (1948–1989), până la limita dispariţiei şi al imensei sale jertfe umane şi materiale.
Prin Decretul nr. 76 din 8 iunie 1948, întărit apoi de Statutul de organizare şi funcţionare din 12 august al aceluiaşi an, Academia devenea instituţie de stat, subordonată direct Consiliului de Miniştri, sub numele de Academia Republicii Populare Române.
Măsura, în sine, nu a constituit o surpriză.
Spectrul unor schimbări radicale apăruse odată cu actul din 6 martie 1945, prin instalarea guvernului comunist Petru Groza şi, mai apoi, prin izgonirea Maiestăţii Sale Regele Mihai, preşedintele de onoare, la acea dată, conform Statutului Academiei Române, şi protectorul instituţiei academice, şi transformarea României, prin lovitură de stat, din Regat constituţional în Republică Populară, la 30 decembrie 1947.
Dezbaterile care au avut loc în prima jumătate a anului 1948, atmosfera tot mai apăsătoare ce a cuprins din ce în ce mai mult Academia, dispariţia de la activităţile acesteia a unor membri marcanţi, anchetaţi şi ulterior întemniţaţi, a fost preludiul a ceea ce avea să se întâmple la 9 iunie: oficializarea Academiei Republicii Populare Române, instituţie de stat, subordonată direct Preşedinţiei Consiliului de Miniştri, căreia trebuia să-i prezinte „periodic dări de seamă asupra activităţii sale”.
În art. 3 al decretului din 9 iunie se specifica în mod expres:
„Nu pot fi membri ai Academiei R.P.R. persoane care, prin activitatea lor, s-au pus în slujba fascismului şi reacţiunii, dăunând prin aceasta interesele ţării şi ale poporului”.
La 12 august 1948, prin decretul prezidenţial nr. 1454 s-au numit ca membri ai Academiei R.P.R. 55 de foşti membri ai Academiei Române (mai puţin de o treime din membrii de la începutul anului 1948), cărora li s-au adăugat alţi 11 membri noi.
În Academia R.P.R., conform Decretului prezidenţial amintit, nu s-au mai regăsit 113 membri ai Academiei Române (26 titulari, 58 corespondenţi şi 29 de onoare), aceştia fiind epuraţi din secţiile Aca-demiei Române.
În perioada următoare, reprezentanţi de frunte, vârfurile culturii şi ştiinţei româneşti, ai Bisericii şi armatei – membri ai Academiei Române – au fost anchetaţi, marginalizaţi, lăsaţi fără mijloace de subzistenţă sau încarceraţi la Sighet, Aiud, Văcăreşti, mulţi găsindu-şi aici sfârşitul: istoricii Gheorghe I. Brătianu, Alexandru I. Lapedatu şi Radu R. Rosetti, italienistul Alexandru Marcu, economistul Victor Bădulescu, teologul istoric Zenovie Pâclişanu, economiştii Gheorghe Taşcă şi Mircea C. Cancicov, omul politic Iuliu Maniu.
Printre 113 de membri se aflau nume importante ale culturii şi ştiinţei româneşti: fi losoful şi scriitorul Lucian Blaga, scriitorii Ioan A. Bassarabescu, Mihai Codreanu şi Adrian Maniu, istoricii Gheorghe I. Brătianu, Nicolae Bănescu, Ştefan Ciobanu, Silviu Dragomir, Scarlat Lambrino, Alexandru I. Lapedatu, Ioan Lupaş, Constantin Marinescu, Ştefan Meteş, Ion I. Nistor, Petre P. Panaitescu, Zenovie Pâclişanu, Radu R. Rosetti, Teofi l Sauciuc-Săveanu, Alexandru Tzigara-Samurcaş, filosofii Nicolae Bagdasar, Petre P. Negulescu, Ion Petrovici, Constantin Rădulescu-Motru şi Grigore Tăuşanu, geografi i Simion Mehedinţi, Mihai David, Vintilă Mihăilescu şi Nicolae Al. Rădulescu; agronomul Gheorghe Ionescu-Siseşti; economiştii Victor Bădulescu, Mircea Cancicov, Ion I. Lapedatu, Ion Răducanu, Victor Slăvescu, Gheorghe Taşcă, juriştii Alexandru Costin, George Fotino, Emil Haţieganu, Gheorghe G. Mironescu, Ioan I. Papp, Traian Pop, Nichita Smochină, Anibal Teodorescu; sociologii Dimitrie Gusti şi Nicolae Petrescu; folcloriştii, etnografii şi compozitorii Constantin Brăiloiu, Tiberiu Brediceanu, Arthur Gorovei, Ion Muşlea; psihologul Florian Ştefănescu-Goangă; demograful Sabin Manuila; matematicienii şi astronomii Theodor Angheluţă, Nicolae N. Donici, Octav Onicescu, Constantin C. Popovici, Petre Sergescu; fizicienii Horia Hulubei şi Ştefan Procopiu; inginerii şi inventatorii Gogu Constantinescu, Nicolae Vasilescu-Karpen şi Traian Vuia; medicii Constantin I. Angelescu, Nicolae Ionescu-Sişeşti, Iuliu Moldovan, Marius Sturza, George Udrischi; chimiştii Negoiţă Dănăilă şi Costin D. Neniţescu; arhitectul Petre Antonescu, oamenii politici Iuliu Maniu, Gheorghe Tătărescu, mitropoliţii ortodocşi Nicolae Bălan şi Nicolae Colan, episcopul greco-catolic Iuliu Hossu, generalul Paul Teodorescu ş.a.
Imensa jertfă a Academiei Române, pentru „împlinirea idealurilor comuniste”, statistic vorbind, se prezintă după cum urmează:
– îndepărtarea din Academie a 113 de membri, din care 26 academicieni, 58 membri corespondenţi şi 29 membri de onoare
– decesul în închisoare, după chinuri şi suferinţe groaznice, a nouă membri ai Academiei
– condamnarea şi întemniţarea, pentru delictul de a-şi fi servit şi iubit ţara, a 31 de membri ai Academiei, pe o durată de peste 120 de ani de temniţă, dintre aceştia nouă murind în închisoare.
După anul 1990, Academia Română şi-a înscris la loc de cinste repunerea în drepturi a tuturor celor 97 membri îndepărtaţi din forul academic în 1948, fapt hotărât de adunările generale din 3 iulie 1990 şi 11 mai 1994.