Domnia papală, restaurată în mod tranzitoriu, se termină la 17 mai 1809, în urma unui edict al lui Napoleon.
Napoleon a poruncit ca toate ţările, pe care „Sublimul său predecesor” Carol cel Mare le atribuise episcopului de Roma, să fie din nou unite cu Franţa, iar Roma a devenit oraş liber şi al doilea oraş al Imperiului Francez.
Papa Pius VII afurisi atunci pe toţi autorii acestei uzurpări, însă nu cuteză însă să pomeniasca numele lui Napoleon.
Papa e arestat de Napoleon
Totuși, împăratul ordonă arestarea Papei, care nu opuse nici o rezistenţă…
Papa fu deportat mai întâi la Grenoble, pe urmă la Savona şi în sfârşit la Fontainebleau.
Când aliaţii începură să pătrundă în Franţa, Napoleon ordonă ca Papa să fie transportat din nou la Savona. În tot timpul acestei călătorii, el fu onorat ca un suveran.
Situaţia lui Napoleon deveni atât de critică, încât trebui să redea Papei libertatea.
La 24 mai 1814, după o absenţă de cinci ani el se înapoie la Roma.
De atunci și până la Tratatul de la Palatul Lateran, din 1929, Papa nu a mai călătorit în străinătate.
Ba, timp de șase deceni nici măcar nu mai părăsi Vaticanul.
