Deși se clasase pe locul al treilea în alegerile din sinodul electoral, împăratul l-a numit succesor al episcopului Maior pe Ioan Bob, preferându-l pentru că era preot de mir, nu călugăr.
Imediat acesta a intrat în conflict cu Gheorghe Șincai.
Preotul greco-catolic și istoricul Zenovie Pâclișanu, membru corespondent al Academiei Române, mort în închisorile comuniste la 1957, scrie în lucrarea „Contribuții la Biografia lui Gheorghe Șincai”, publicată în 1922:
„Numirea episcopului Ioan Bob în anul 1782 a fost primită cu ostilitate de obștea monahală basiliană de la Blaj, din care făcea parte și Gheorghe Șincai.
În anul 1784 Șincai și-a dat demisia din Mănăstirea Buna Vestire de la Blaj și s-a mutat într-o locuință particulară.
În septembrie 1790 protestul față de episcopul Bob s-a concretizat într-un memoriu adresat guvernului Transilvaniei, prin care episcopului i-a fost reproșat nepotismul și corupția.
Principalul autor al plângerii a fost Ioan Para, vicarul Năsăudului, iar Gheorghe Șincai a contribuit la întreținerea unei atmosfere potrivnice episcopului la Blaj.
Șincai căzuse în patima alcoolului, motiv pentru care acțiunile sale erau lipsite de tact.
În anul 1794 episcopul Bob s-a plâns guvernatorului Gheorghe Banffy că Șincai se bate cu oamenii, nu efectuează inspecțiile școlare, iar dacă le efectuează, atunci se face de râsul elevilor sub influența alcoolului.
Guvernatorul a trimis la Blaj o comisie de anchetă.
În data de 19 august 1794 episcopul Bob a cerut arestarea lui Șincai și destituirea sa din funcția de director școlar, după ce acesta declarase că „ori pier eu, ori piere episcopul”, iar la o lecție spusese elevilor că omul are dreptul să ucidă în legitimă apărare.
În data de 24 august Gheorghe Șincai a fost arestat la Blaj împreună cu menajera sa și întemnițat la Aiud.
Pe 13 septembrie, guvernul Transilvaniei l-a destituit din funcția de director, din cauza exceselor dovedite cu prilejul anchetei din 15 iulie, când Șincai a spus în stare de ebrietate că el este capul conjurației”.
Mai multe detalii oferă Ioan Ardeleanu Senior, într-o lucrare apărută în „Caiete silvane”:
„În urma reclamațiilor episcopului Ioan Bob din 24 iunie 1794, către contele G. Bánffy, guvernatorul Transilvaniei, fișpanul comitatului (prefectul județului) Alba-Inferioară, Antoniu Vajna, la 15 iulie 1794, anchetează pe Gheorghe Șincai, audiind și 14 martori.
La 24 august 1794, subprefectul județului, Alex. Gyujte, în casa lui Iosif Pop, administratorul/prefectul/ domeniilor episcopale și cumnat cu vlădica Ioan Bob, Șincai este pălmuit, abrutizat cu strigăte gradate de la:
„Ești capul unei conjurații”!, până la „Câine de Horia”! și „Câine puturos de valah”!, apoi purtat sub escortă pe străzile Blajului cu fața „înroșită de palmele suferite, iar părul vâlvoi slobozit peste ochi”.
La 13 septembrie 1794 este destituit din funcția de director al școlilor naționale din Marele Principat al Transilvaniei, un an de zile întemnițat la Aiud și târât într-un proces pentru „intenții la rebeliune”.
Cu aceste îngenunchieri, umiliri, maltratări ordinare, fizice și morale, Gheorghe Șincai este izgonit din rosturile sale și zadarnice i-au fost toate încercările de reparare a nedreptăților suferite, ca și cele de restituire a funcției de director /1796/, de numire de director pentru părțile Sătmarului/1796/, de revenire în cinul monahal/1796/, de translator/1797 etc.
Constrâns de asemenea împrejurări, Gheorghe Șincai se retrage tactic la contele Daniil Vass de Țaga, angajându-se de perceptor pentru instruirea și educarea fiilor acestuia: Toma, Ioan și George.
Aci lucrează șase ani, pe „ogor străin”, între 1797-1803.
După alte încercări de rostuire a vieții și operelor sale – Oradea și Buda –, timp de alți șase ani/1803-1809/, Gheorghe Șincai mai încearcă altă retragere strategică, la feciorii contelui Daniil Vass, în satul Sinea, din comitatul Abaujvár, aproape de Cosițe/Cașovia/, unde foștii lui elevi au moștenit un domeniu, după mama lor, Clara Szerentai, ceea ce el va nota și în Cronica sa:
„Mă ocrotesc la feciorii contelui Daniil Vass cel mai bătrân, ca la niște ucenici ai mei, până voi săvârși munca aceasta/Cronica …N.Ns./ pentru folosul românilor, dintre care unii mai vrea-m-ar mort decât să scriu unele ca acestea”.
După alți trei ani/1809-1812/, Cronica fiind definitivată, obține aprobarea de publicare pentru Ungaria printr-un „nihil obsta”, acordat de cenzorul Antoniu Szerdahelyi/la 6 mai 1812/, dar pentru Transilvania, unde dorea autorul să fie tipărită, de la cenzorul Iosif Mártonfi, episcop romano-catolic din Alba Iulia, obține o opoziție brutală egală cu apostila: „Opus igne, auctor patibulo dignus”/ tradus: Cartea e bună de foc, autorul de spânzurătoare/, de a cărei formulare se pare că Șincai nu era străin.
Se abate către ctitoria înaintemergătorului său Ioan Inocențiu Micu/Clain/, de la îmbinarea celor două Târnave.
După 17 ani ,Șincai reintră în Blaj.
De la vlădica acela care-l dușmănise atât de amarnic – Ioan Bob, și până la cel mai mic din sutele de elevi ai școlilor Blajului, l-au privit cu admirație, iar Șincai le-a vorbit cu mândrie, simbolic și conștient de măreția operii sale.
De la această dată, i se pierde urma.
O singură amintire despre prezența sa prin Ardeal, a unui protopop bătrân din Bistrița/Ioan Maior/, care afirmase că l-ar fi întâlnit, prin mai 1814, undeva pe lângă Dej”.
