29 august 1862: Nordul și Sudul se înfruntă în cea de-a doua bătălie de la Bull Run
Frustrat de McClellan, care era încă campat în Peninsula James, la sud-est de Richmond, președintele Abraham Lincoln și generalul-șef Henry Halleck au decis să retragă o parte substanțială a Armatei Potomacului a lui McClellan și să o trimită la Armata Virginiei, nou formată de generalul John Pope.
Lee a ghicit corect că McClellan nu avea de gând să atace Richmond, așa că l-a trimis pe generalul Thomas J. „Stonewall” Jackson spre nord pentru a supraveghea forța lui Pope. Când a devenit clar că yankeii abandonau peninsula, Lee a mutat mai multe forțe spre nord pentru a-l învinge pe Pope înainte de sosirea întăririlor.
Planul a funcționat perfect, iar Jackson a atacat un important depozit de aprovizionare al Uniunii la Manassas, Virginia. Realizând că mare parte din confederați erau divizați, Pope a început să-l urmărească pe Jackson. Dar nu a putut găsi forța rebelă, care era ascunsă în pădurile din jurul Bull Run, locul primei bătălii majore a războiului cu mai bine de un an mai devreme. Pope era confuz și a dat ordine contradictorii care și-au frustrat trupele, care au mărșăluit înainte și înapoi timp de două zile.
Până pe 28 august, Jackson știa că ajutorul se afla în apropiere, sub forma corpului de armată al generalului James Longstreet. Oamenii lui Jackson au ieșit din pădure și au atacat o divizie a Uniunii la sfârșitul zilei, dar luptele s-au încheiat cu un impas. Pe 29 august, Pope a atacat, dar armata sa nu s-a descurcat prea bine. Confederații au mutilat trupele Uniunii, iar pe 30 august Pope a fost nevoit să se retragă. Armata sa a pierdut peste 16.000 de oameni față de cei 9.000 ai confederaților.
Cel mai șocant a fost răspunsul lui McClellan, care se întorsese acum din peninsulă. El se afla în apropiere, în Alexandria, Virginia, și a reușit să trimită un corp de armată pentru a-l ajuta pe Pope. Încă supărat de transferul trupelor sale la comanda lui Pope, el „dorea ca Pope să fie învins”, după cum a scris mai târziu Lincoln. Dar Lincoln nu l-a putut îndepărta pe McClellan pentru trădarea sa, deoarece Lee a început în curând să-și mute armata în Maryland pentru o invazie a Nordului.
