Proiectul Enciclopediei își propunea inițial să adune toate cunoștințele dobândite de omenire și de a produce astfel o critică sistematizată a religiei.
Materialismul și anticreștinismul lui Diderot sunt cei doi piloni ai Enciclopediei, fapt care îi va atrage ostilitata Curții și a Bisericii. Însă ea se va bucura de un enorm succes în Franța și în Europa, contribuind la propagarea așa-numitului Spirit al Luminilor.
Proiectul Enciclopediei se născuse cu șase ani în urmă, din dorința librarului André Le Breton de a traduce Cyclopaedia a englezului Ephraim Chambers, publicată în 1728.
Librarul îi destăinuie ideea sa amicului său, Denis Diderot (32 de ani), care, entuziasmat, propune nu doar o simplă traducere ci „un tablou general al eforturilor spiritului uman în toate domeniile și din toate secolele”.
De unde și titlul său, Enciclopedia, neologism creat după o expresie greacă desemnând cunoștințele care trebuie dobândite pentru o educație completă.
Diderot își unește eforturile cu cele ale prietenului său, Jean Le Rond d’Alembert.
În 1750, el își expune proiectul într-un Prospectus în vederea atragerii de subscriptori, pentru a obține finanțarea necesară. Nu mai puțin de 2000 de persoane generoase și cu dare de mână din epocă răspund la apel.
Conștient că proiectul său va deranja pe mulți, Diderot are abilitatea de a obține protecția influentei Doamne de Pompadour, amanta Regelui Ludovic al XV-lea.
Enciclopedia se bucură de un succes imediat în Franța, dar și în toată Europa, cuprinsă de febra Luminilor. Tirajul său ajunge rapid la 4200 de exemplare, ceea ce este foarte mult, ținând cont de cost și de amploarea operei.
Primele necazuri apar în 1752, odată cu scandalul provocat de teza privind Facerea Lumii prezentată la Sorbona de către abatele de Prades. Acesta era un cleric cu vederi liberale, care colaborase cu articole la primele două volume ale Enciclopediei.
Un episcop atacă aspru teza abatelui și în final se va ajunge la interzicerea vinderii, cumpărării dau deținerii celor două volume. Însă, protecția Doamnei de Pompadour s-a dovedit salutară. Intervențiile sale și ale directorului Bibliotecii, Malesherbes, duc la ridicarea interdicției.
În 1757, norii de furtună se adună din nou. Clericii protestează din nou din cauza criticilor Enciclopediei la adresa creștinismului.
Ei primesc un ajutor neașteptat, anul următor din partea lui Jean-Jacque Rousseau, care atacă Enciclopedia din cauza articolului Geneva, publicat în volumul VII, în care d’Alembert critica moravurile austere ale orașului calvinist, care interziceau orice reprezentații teatrale sau spectacole. Rousseau publică a sa faimoasă Scrisoare către d’Alembert privind spectacolele, în care acuză teatrul de frivolitate.
Pe 8 martie 1759, Consiliul de Stat interzice din nou vânzarea Enciclopediei și cere restituirea banilor dați de susbcriptori. Intervențiile Doamnei de Pompadour și ale lui Malesherbes nu reușesc să anuleze decât această din urmă decizie, scăpându-l astfel pe Diderot de faliment.
Nu reușesc însă să obțină și continuarea publicării Enciclopediei.
Descurajat, d’Alembert renunță. Următoarele zece volume sunt publicate clandestin de către Diderot în 1765, iar cele două volumefinale cu planșe sunt publicate în 1772, fără contribuția acestuia.
În 1776-1777, Charles-Joseph Panckoucke și Jean-Baptiste Robinet publică un Supliment al Enciclopediei, de patru volume de text și unul de planșe. În 1780, apar două volume de tabele.
În total, în 30 de ani, au fost publicate 35 de volume la care au contribuit circa 200 de autori, inclusiv nume precum: Voltaire, Montesquieu, Rousseau, Condorcet, Quesnay, Turgot, Marmontel, Helvétius sau baronul d’Holbach.
