Scaunul episcopal din Tomis a fost ocupat după ierarhul Timotei de episcopul Ioan, un mare teolog al secolului V şi aprig apărător al Ortodoxiei în Dacia Pontică.
Acest episcop a luat permanent parte la disputele teologice din preajma Sinodului IV ecumenic de la Calcedon (451), fiind prezent adesea la Constantinopol.
Ioan de la Tomis poseda o vastă cultură latină şi greacă, traducând mai multe scrieri bisericeşti din limba greacă în cea latină.
Înainte de anul 449, episcopul Ioan s-a săvârşit cu pace la Tomis şi s-a adăugat înaintaşilor săi.
Prima episcopie
Episcopia Tomisului a fost prima episcopie înființată pe teritoriul de astăzi al țării noastre.
Sfântul Apostol Filip l-a însoțit pe Sfântul Apostol Andrei în Dobrogea de astăzi, pentru a propovădui cuvântul lui Dumnezeu oamenilor de aici.
Cel mai vechi izvor care îi menționează este Calendarul gotic.
Potrivit istoricului H. Achelis, Calendarul gotic a fost alcătuit în Tracia, unde împăratul Teodosie I (379-395) le-a acordat azil goților refugiați din nordul Dunării, din calea hunilor, în anul 380.
În acest Calendar au fost introduse sărbători specifice goților arieni, dar și sărbători ale creștinilor.
Calendarul gotic a înscris printre zilele de sărbătoare specifice creștinilor din această zonă pe Sfântul Apostol Andrei și pe Sfântul Apostol Filip, ca propovăduitori ai Evangheliei în Scythia Minor, Dobrogea de astăzi.
Faptele celor doi misionari se regăsesc și în alte documente mai târzii, precum Scrierea apocrifă a lui Abdias și Martirologiul lui Adon, ultimul alcătuit între anii 855-860.
Nu se știe cu exactitate câți episcopi au fost rânduiți în Scythia de către Sfinții Apostoli, dar, la un anumit moment al istoriei, conducerea ierarhică a provinciei s-a unificat, istoricul Sozomen (sec. VI) amintind că Scythia Minor în întregime a intrat sub oblăduirea unui singur episcop care își avea reședința în metropola provinciei, Tomis.
Evanghelicus
Se presupune că Episcopia Tomisului a fost înființată în secolul III.
Primul ierarh dobrogean cunoscut după nume este episcopul Evanghelicus (în jurul anului 303).
Tot istoricul Sozomen relatează întâlnirea din anul 369 dintre episcopul tomitan Bretanion și împăratul Valens – el amintește „un vechi obicei, care se păstrează și acum, ca un singur episcop să păstorească Bisericile întregului neam”.
Participarea Episcopului Gheronție la Sinodul II Ecumenic, in 381, a dus la înființarea Mitropoliei Scythiai, cu reședinta la Tomis.
Întrucat există tradiția ca în provincia romană Scythia să existe un singur ierarh, pentru a putea înființa această Mitropolie, împăratul Teodosie cel Mare a trecut sub jurisdictia Tomisului trei scaune arhieresti din afara provinciei.
Astfel, la sfarsitul secoluilui al IV-lea Mitropolia Scytiei se întinde pe malul Mării Negre, din Peninsula Crimeea până în zona orașului Varna de astăzi, regăsită în documentele istorice și ca Eparhia litoralului Mării Negre.
În anul 536 aceasta eparhie a fost reorganizată, reducându-se semnificativ teritoriul în care se întindea și rămânând numai arealul aproximativ al Dobrogei de astăzi.
Episcopi ai Tomisului, notificați în scrierile vremii, au fost: Teotim I (consemnat în anul 392), Timotei, care a participat la Sinodul III Ecumenic (431), semnând ca ortodox actele conciliului, Ioan (înainte de 448), „unul dintre cei mai buni teologi ai timpului”, care a participat activ la disputele teologice ale vremii, Alexandru, care a participat la un sinod de la Constantinopol împotriva monofizismului (deși n-a participat la Sinodul IV Ecumenic din 451, a semnat totuși hotărârile ortodoxe ale acestuia), Teotim II (458), Paternus (518), ultimul episcop de Tomis cunoscut fiind Valentinian, care a purtat în 549 corespondență cu papa de la Roma.
