Elaborarea în anii 1831-1832, a primelor legi administrative moderne, respectiv a Regulamentelor Organice ale Ţării Româneşti şi Moldovei, a determinat înfiinţarea oficială a arhivelor, ca instituţie.
Legile administrative moderne au fost elaborate de comisiile de redactare ale Divanurilor Moldovei şi Ţării Româneşti, formate din reprezentanţii marii boierimi, sub preşedinţia consulului general rus Matvei Lvovici Minciaki, fiind adevărate constituţii care au înzestrat Principatele cu instituţii menite să răspundă cerinţelor de modernizare a structurilor societăţii româneşti.
La 1/13 mai 1831, au fost înfiinţate la Bucureşti, Arhivele Statului din Ţara Românească, aflate în subordinea Departamentului Treburilor din Lăuntru (Ministerul de Interne). Primul director a fost Iordache Rasti (1831-1837).
A urmat, la 1/13 ianuarie 1832, înfiinţarea la Iaşi, a Arhivelor Statului din Moldova, aflate în subordinea Logofeţiei Dreptăţii (Ministerul Justiţiei). Primul director a fost Gheorghe Asachi (1832-1849).
Unificarea
Domnitorul Alexandru Ioan Cuza a semnat, la 31 octombrie 1862, decretul de înfiinţare a Direcţiei Generale a Arhivelor Statului din Bucureşti (din 1996, Arhivele Naţionale ale României) prin unificarea Arhivelor Statului din Ţara Românească şi Moldova, în subordinea Ministerului Cultelor şi Instrucţiunii Publice.
Primul director general a fost Grigore Bengescu. Noua organizare avea la bază principiul separării documentelor cu valoare istorică de cele cu valoare practică.
Regulamentul pentru organizarea serviciilor arhivelor statului a intrat în vigoare la 25 iulie/6 august 1872.
Activităţi timpurii în domeniul arhivelor au fost desfăşurate şi pe teritoriul Transilvaniei, prin grija autorităţilor maghiare, înainte de momentul în care Regatul Ungariei dispărea de pe harta Europei, în prima jumătate a secolului al XVI-lea.
Mai târziu, după includerea principatului transilvan în cadrul monarhiei Habsburgilor, la sfârşitul secolului al XVII-lea, sistemul de conservare şi păstrare a documentelor a cunoscut o serie de îmbunătăţiri, cea mai importantă fiind introducerea sistemului registraturii la principalele instituţii administrative.
Prin înfiinţarea Arhivelor Statului Ungar, la 1875, cea mai mare parte a arhivelor vechi ale Transilvaniei a fost concentrată la Budapesta.
Atât în Transilvania, cât şi în Banat şi Bucovina, funcţiona, la sfârşitul secolului al XIX-lea, sistemul centralizării documentelor în cadrul Arhivelor de stat din Budapesta şi Viena.
În România Mare
După unificarea politică a statului român din 1918, au fost înfiinţate: Arhiva Statului din Cluj (14 martie 1920) sub numele de Direcţiunea Arhivelor Statului pentru Transilvania, care şi-a început activitatea în 1922, primul director fiind Ştefan Meteş (până în 1949, când a fost îndepărtat de regimul comunist); Arhiva Statului în Bucovina (Cernăuţi, 1924) şi Arhiva Statului în Basarabia (Chişinău, 1925).