Orașul San Francisco își datorează așadar nașterea și numele de botez ordinului religios al Franciscanilor, întemeiat de Sfântul Francisc din Assisi.
Născut în 1713, la Mallorca, în Baleare, părintele Junipero Serra întemeiază o misiune la San Bernabe, lângă Monterey, la nord de colonia Noii Spanii, Mexicul de astăzi.
De acolo, el pornește în recunoaștere spre California, încă nexplorată și neatinsă încă de civilizația occidentală.
În câțiva ani, la inițiativa sa, călugării franciscani vor întemeia în California 21 de misiuni.
Pe 15 decembrie 1774, vice-regele Noii Spanii, Francisco de Paula Bucarelli, îi trimite părintelui Junipero o scrisoare prin care îl invită să participe la o expediție spre un golf strategic din California centrală, sub comanda căpitanului de marină Juan Bautista de Anza.
În acest loc este stabilită o primă tabără militară, iar părinții Palou și Cambon săvârșesc liturghia în fața unei modeste cabane, „misiunea Dolores”.
Locul primește numele de San Francisco, în cinstea patronului ordinului religios, Sfântul Francisc de Assisi.
Astfel se va naște viitoarea metropolă a Californiei centrale.
Descoperirea aurului pe aceste meleaguri, începând cu 1848, îi va asigura o dezvoltare rapidă, pe care nici teribilul cutremur din 1906 nu a putut-o opri.
În timp ce franciscanii spanioli își înmulțesc misiunile în California de Sud, rușii, veniți din Kamceatka, aflată la extremitatea nordică a continentului asiatic, veneau în America prin strâmtoarea Bering pentru a-și extinde teritoriile de vânătoare în căutare de blănuri.
Rușii fac un asemenea masacru printre vizoni, castori și nurci, încât sunt nevoiți să înainteze căutând alte terenuri și să ierneze în condiții ostile.
Vice-regele Mexicului este îngrijorat de acești intruși pe pământurile spaniole și poruncește ca rușii să fie tratați cu intransigență.
Se va dovedi, însă, că interesele rușilor și spaniolilor nu erau atât de divergente, astfel încât fiecare tabără își păstrează pozițiile.
În primii ani ai secolului al XIX-lea, vânătorii de blănuri ruși întemeiază Fort Ross, la nord de San Francisco, unde lasă o colonie asistată de Inuiți, eschimoși din Alaska.
Însă, în decembrie 1841, văzând că sunt lipsiți de orice sprijin din partea țarului, rușii sunt nevoiți să își vândă proprietățile lui John Sutter, un colonist de origine elvețiană, negustor bogat, care va deveni faimos peste opt ani, când va descoperi aur pe pământurile sale.