Din nefericire pentru Lavoisier, realizările sale nu au fost suficiente pentru a-l proteja de haosul și crimele Revoluției Franceze din 1789.
Savantul a încercat în van să îi convingă pe revoluționari despre importanța domeniului său de predilecție, Chimia, dar și despre Biologie, unde de asemenea avusese contribuții notabile. Membru al nobilimii și protejat al regelui, el a fost considerat ca un vestigiu al trecutului care trebuia eliminat.
Lavoisier a fost decapitat prin ghilotinare în luna mai 1794.
Președintele tribunalului revoluționar, Jean-Baptiste Coffinhal a conchis:
„Republica nu are nevoie de savanți, nici de chimiști; cursul justiției nu poate fi suspendat.”
Execuția sa a avut loc împreună cu a altor membri ai Fermei Generale, o instituție care fusese înființată de rege pentru a colecta taxele agricole.
Grație acestei activități, Lavoisier a putut strânge o avere importantă ca urmare a apropierii sale de Casa Regală, fapt care l-a transformat într-o țintă a Revoluției.
Sfârșitul prematur și brutal al vieții lui Lavoisier a fost rezumat astfel de matematicianul Joseph-Louis Lagrange:
„Le-a trebuit doar o clipă să-i taie capul, dar o sută de ani s-ar putea să nu fie suficienți pentru ca alt cap la fel să apară.”
Potrivit Science History Institute, sistemul nomenclaturii chimice creat de Lavoisier a pus bazele termenilor pe care îi folosim până astăzi.
Numele găsite de el nu au contribuit doar la distingerea între diferite substanțe, ci reflectă și teoria care o caracterizează pe fiecare.
Lavoisier este și autorul Legii Conservării Masei, care afirmă că masa nu este creată, nici distrusă prin nici un fel de reacție chimică, ci doar își schimbă forma.
Într-un articol din 2011, publicat în Nature Education Knowledge, cercetătorii Robert W. Sterner, Gaston E. Small și James M. Hood notau că descoperirile lui Lavoisier în domeniul chimiei moderne au produs efecte în numeroase alte domenii, inclusiv în ecologie.
