În realitate era homosexual.
La sfârșitul anilor 1920, a avut o relație cu jurnalistul de la Hollywood Herbert Howe, dar și cu un om bogat din San Francisco, Noël Sullivan.
Toată viața s-a zbătut între credința sa profundă în Hristos și homosexualitate.
Novarro a fost ucis la 30 octombrie 1968 de frații Paul și Tom Ferguson, în vârstă de 22 și 17 ani, care l-au sunat și i-au oferit serviciile sexuale.
Înainte, a angajat prostituați de la o agenție, iar Fergusonii au obținut numărul de telefon al lui Novarro de la un invitat anterior.
Potrivit acuzării, cei doi tineri credeau că o sumă mare de bani era ascunsă în casa lui Novarro. Procuratura i-a acuzat pe frați că l-au torturat pe Novarro timp de câteva ore pentru a-l obliga să dezvăluie unde erau ascunși banii inexistenți.
Au plecat din casă cu 20 de dolari pe care i-au găsit în buzunarul halatului.
Novarro a murit asfixiat cu propriul sânge, după ce tortura îi declanșase o hemoragie.
Novarro este înmormântat în Cimitirul Calvary, în Los Angelesul de Est, California. Steaua lui Novarro de pe Walk of Fame de la Hollywood se află la numărul 6350 Hollywood Boulevard.
Foto: Novarro și Joan Crawford în Across to Singapore (1928)
