Cinstitul cap al Sfântului Proroc Ioan Botezătorul a fost îngropat de Irodiada într-un loc ascuns din curtea palatului său.
Nu știa de aceasta decât Ioana, soția lui Huza, intendentul lui Irod Antipa, care, după cum arată Sfântul Evanghelist Luca în Evanghelia sa (8: 3), a fost una din femeile mironosițe. Ioana a luat capul proorocului și l-a îngropat în Muntele Eleonului.
După un timp, Inochentie, unul dintre slujitorii de seamă ai lui Irod, și-a cumpărat un loc în Muntele Eleonului, și-a făcut o chilie și s-a retras în ea ca sihastru.
Zidind lângă chilie o bisericuță de piatră, săpând, a găsit capul Sfântului Ioan, însă imediat l-a îngropat la loc.
Inochentie a murit luând cu sine această taină.
După aproape 300 de ani, în zilele împăratului Constantin cel Mare (306-337), Sfântul Ioan Botezătorul s-a arătat la doi călugări, poruncindu-le să sape locul și să dezgroape cinstitul său cap, aceasta fiind prima aflare a lui.
Pe când călugării se întorceau cu capul proorocului într-un sac, s-au întâlnit cu un olar și i-au dat acestuia să ducă sacul.
Ca pedeapsă pentru această stare de lenevire a celor doi călugări, Sfântul Ioan l-a îndemnat pe olar să fugă cu sac cu tot.
Ajungând la el acasă, olarul a văzut că se învrednicea de multe binefaceri și, bănuind că acest lucru se datorează prezenței capului Sfântului Ioan Botezătorul, a început să îl cinstească împreună cu familia sa.
Simțind că i se apropie sfârșitul, olarul a pus capul proorocului într-o raclă și l-a dăruit surorii sale, sfătuind-o să-l cinstească și să nu-l deschidă până când însuși Sfântul îi va porunci.
În acest fel, racla a ajuns din mână în mână în grija unui monah pe nume Eustatiu.
Acesta trăia într-o peșteră din apropierea orașului Emesa din Siria. Deși monahul Eustatiu era eretic arian, la peștera lui se făceau minuni, datorită sfântului cap.
Eustatiu a fost izgonit din peșteră și trimis în exil.
În peștera lui au intrat niște monahi credincioși, care mai târziu au zidit în apropiere o mănăstire.
În anul 452, arhimandritul Marcel, starețul acelei mănăstiri, a aflat capul Sfântului în chip minunat, văzând foc mare la peștera de lângă orașul Emesa în timpul cântării psalmilor, aceasta fiind cea de-a doua aflare a Capului Sfântului Ioan, Înaintemergătorul Domnului.
În timpul luptelor pentru sfintele icoane, capul Sfântului Ioan Botezătorul a fost îngropat la Comane, unde a fost aflat în chip minunat a treia oară, adus la Constantinopol în 860 de către patriarhul Ignatie și așezat într-un loc sfințit
