Asasinarea de către fascisti a politicianului socialist Giacomo Matteotti în iunie 1924 a zguduit încredrea lui Croce în Mussolini.
În mai 1925, a fost unul dintre semnatarii Manifestului intelectualilor antifascisti care fusese scris chiar de el.
Totuși, în iunie anul precedent, votase în Senat în sprijinul guvernului Mussolini.
Mai târziu, a explicat că spera că sprijinul acordat lui Mussolini în parlament îi va slăbi pe fasciștii cei mai extremiști, care, credea el, erau responsabili pentru asasinarea lui Matteotti.
Benedetto Croce a devenit ulterior unul dintre cei mai fermi oponenți ai fascismului.
În 1928, Croce a votat împotriva legii care abolea efectiv alegerile libere din Italia, care oferea alegătorilor doar varianta să voteze pentru o listă de candidați aprobată de Marele Consiliu al fascismului.
Croce a devenit din ce în ce mai consternat de numărul de foști democrați care și-au abandonat vechile principii.
A acordat frecvent asistență financiară scriitorilor și disidenților antifascisti precum Giorgio Amendola, Ivanoe Bonomi și Meuccio Ruini, precum și celor care doreau să-și mențină independența intelectuală și politică față de regim și îi ajuta pe ascuns să publice.
Casa lui Croce din Torino a devenit o destinație populară pentru antifasciști și, după război, Amendola împreună cu comuniști precum Eugenio Reale au dezvăluit că Croce a oferit ajutor atât membrilor rezistenței liberale, cât și celor marxiști în anii fascismului.
Croce a fost serios amenințat de regimul lui Mussolini
Însă, singurul act de violență fizică pe care l-a suferit din partea fascistilor a fost jefuirea casei și a bibliotecii sale din Napoli în noiembrie 1926.
A reușit să rămână în afara închisorilor datorită reputației sale.
Totuși, a fost supravegheat cu mare atenție, iar munca sa academică a fost ascunsă de guvern, în măsura în care niciun ziar sau publicație academică generală nu s-a referit la el.
Mai târziu, Croce a inventat termenul onagrocrazia (literalmente „guvernare de măgari”) pentru a sublinia tendințele anti-intelectuale ale unor părți ale regimului fascist.
Cu toate acestea, în descrierea fascismului drept anti-intelectual, Croce a ignorat mulți intelectuali italieni care la acea vreme susțineau activ regimul lui Mussolini, inclusiv pe fostul său prieten și coleg, Gentile.
Croce a mai descris fascismul ca fiind malattia moral (literalmente „boală morală”).
Când guvernul lui Mussolini a adoptat politici antisemite în 1938, Croce a fost singurul intelectual neevreu care a refuzat să completeze un chestionar guvernamental conceput pentru a colecta informații despre așa-numitul „fond rasial” al intelectualilor italieni.
Noua Republică
În 1944, când democrația a fost restabilită în sudul Italiei, Croce, ca „icoana a antifascismului liberal”, a devenit ministru fără portofoliu în guvernele conduse de Pietro Badoglio și de Ivanoe.
A părăsit guvernul în iulie 1944, dar a rămas președinte al Partidului Liberal până în 1947.
A votat pentru monarhie la referendumul constituțional din iunie 1946, după ce și-a convins Partidul Liberal să adopte o poziție neutră.
A fost ales în Adunarea Constituantă care a existat în Italia între iunie 1946 și ianuarie 1948.
A vorbit în Adunare împotriva tratatului de pace (semnat în februarie 1947), pe care l-a considerat umilitor pentru Italia.
El a refuzat să ocupe funcția de președinte provizoriu al Italiei.
