Tatăl său, fiind guvernatorul spaniol al proviciei, a fost rechemat în Spania, așa că José de la șapte ani și-a petrecut copilăria în Spania.
A ales cariera militară şi a devenit ofiţer în armata spaniolă.
În 1808, după ce a luptat în armata spaniolă împotriva Franței, a intrat în contact cu sudamericani susținători ai independenței față de Spania.
San Martin a devenit unul dintre liderii Lautaro Lodge, o grupare secretă, masonică, care avea ca scop obținerea independenței Americii Latine. Membrii Lautaro Lodge au jurat să păstreze secretul și se știu foarte puține despre ei, dar e clar că au format inima Societății Patriotice, o instituție care a făcut în mod constant presiuni politice pentru libertatea Americii de Sud.
Membrii Lodge au avut de multe ori posturi importante în guverne.
Întoarcerea în Argentina
În 1812, San Martin s-a întors în Argentina şi a pus bazele unei armate de luptători pentru independenţa ţării. Împreună cu patriotul chilian Bernardo O’Higgins, cu care era prieten din școală, şi un grup de rebeli a trecut Anzii, în iarna anului 1817, şi a învins armata spaniolă la Chacabuco, ocupând capitala Santiago de Chile.
Bătălia decisivă împotriva dominaţiei spaniole în Chile s-a dat un an mai târziu la Rio Maipo. San Martin a instalat în Chile un guvern de unitate naţională, dar a refuzat funcţia de preşedinte în favoarea lui Bernardo O’Higgins.
Protector al Perului
În 1820 a condus operaţiunile militare de eliberare a Perului de sub dominaţia spaniolă. A ocupat oraşul Pisco în decembrie 1820 şi apoi Lima, unde, la 28 iulie 1821, a proclamat independenţa Perului.
Jose de San Martin, la rândul său, a fost proclamat „protector al Perului”. Pentru a înfrânge definitiv rezistenţa spaniolilor în Peru, San Martin a cerut sprijin militar generalului venezuelan Simon Bolivar, supranumit „Eliberatorul”, sub conducerea căruia Venezuela a devenit, în 1810, unul din principalele nuclee ale războiului de eliberare a coloniilor spaniole.
În urma unei întâlniri cu ușile închise cu Bolivar, ținută la Guayaquil, Ecuador, la 22 iulie 1822, „Eliberatorul” și-a asumat misiunea de eliberare a Perului.
San Martin a plecat pe neașteptate din țară și a renunțat la comanda armatei sale, ieșind din activitatea politică și militară.
El s-a mutat în 1824 în Franța. Detaliile întâlnirii din 22 iulie nu au fost clarificate de istorici nici astăzi.
A murit la 17 august 1850, la Boulogne-sur-Mer în Franţa.
Împreună cu Bolivar, San Martin este considerat unul dintre Eliberatorii Americii de Sud spaniole. El este eroul național al Argentinei, țară în care cea mai înaltă decorație se numește Ordinul Eliberatorului San Martin (în spaniolă Orden del Libertador San Martin).
