Germania a fabricat 213 astfel de aparate, prin adaptarea planoarelor Me 321.
ME 323 a apărut ca urmare a necesității în 1940 a unui mare planor de asalt în vederea Operațiunii Leul de Mare, planul de invadare a Marii Britanii.
Planoarele ușoare DFS 230 își dovediseră deja valoarea îm bătălia pentru Fort Eben-Emael în Belgia (primul asalt din istorie cu trupe lansate din planoare), iar ulterior se vor dovedi esențiale în invadarea Cretei, în 1941.
Totuși, pentru a realiza o invazie peste Marea Mânecii, armata germană trebuia să fie capabilă să transporte pe calea aerului nu doar trupe ci și vehicule ori alte echipamente grele în primul val al atacului.
Deși Operațiunea Leul de Mare a fost anulată, necesitatea unor aparate de transport grele a rămas, în perspectiva apropiatei Operațiuni Barbarossa, invadarea Uniunii Sovietice.
Pe 18 pctombrie 1940, fabricile Junkers și Messerschmitt au primit termen de 14 zile pentru a veni cu o propunere pentru un mare planor de transport. Accentul se punea pe rolul acestuia în asalt: noul aparat trebuia să poată fi capabil să transporte un tun de 88 de milimetri și tractorul său cu șenile posterioare sau tanc mediu Panzer IV.
Aparatul Junkers Ju 322 Mammut a ajuns până în faza de prototip, dar în final a fost abandonat din cauza dificultății procurării lemnului de înaltă calitate necesar construcției de lemn. Mai mult, în timpul singurului test de zbor al Mammut, s-a descoperit că acesta manifesta o mare instabilitate în aer.
Messerschmitt a venit mai întâi cu proiectul Me 261w – care împrumuta o bună parte din caracteristicile Messerschmitt Me 261, un avion cu rază lungă de acțiune, care a evoluat ulterior în Me 263, care avea să fie folosit pentru acțiunile anti-rachete, și în final a devenit Me 321.
Deși Me 321 a fost foarte folositor în Rusia ca aparat de transport, el nu mai fusese niciodată folosit ca planor de asalt.
La începutul lui 1941, ca răspuns la reacțiile piloților de transport din Rusia, armata germană a decis să producă o variantă motorizată a Me 321, care s-a numit Me 323.
Ca motoare, au fost alese cele radiale Gnome et Rhȏne, de producție franceză (1,164 CP, 868 kW). Alegerea motoarelor franceze a avut ca scop scutirea de încă o povară a greu încercatei industrii germane.
La testele inițiale au fost folosite patru motoare Gnome atașate la o aripă de Me 321 ranforsată, ceea ce a produs o viteză modestă: 210 km/h, cu 80 km/h mai puțin decât aparatul de transport Junkers Ju 52.
A fost montat un tren de aterizare cu patru roți mici pe un boghiu în față și șase roți mari, pe două linii de câtre trei, pe lateralele fuselajului, acoperite parțial de un înveliș aerodinamic.
Roțile din spate erau dotate cu frâne pneumatice capabile să oprească aparatul în mai puțin de 200 de metri.
Pentru a decola când erau încărcat la capacitate maximă, prima variantă cu cu patru motoare Me 323C avea nevoie să fie tractată de un Heinkel He 111Z Zwilling cu cinci motoare sau – în varianta riscantă – de trei avioane grele de luptă Messerschmitt Bf 110. În plus, sub aripă trebuia să i se plaseze o rachetă Walter HWK 109-500 Starhilfe, pentru a-i spori puterea de propulsie.
De aceea, s-a trecut la seria D, cu șase motoare.
În septembrie 1942, aparatele Me 323 au fost livrate pentru a fi folosite în campania din Tunisia și au intrat în serviciu în teatrul de război mediteranean în luna noiembrie.
Pierderile mari înregistrate de Axă în domeniul naval au făcut necesară o livrare masivă de echipamente pe calea aerului pentru trupele lui Rommel din Africa.
Pe 22 aprilie 1943, o formațiune de aparate Me 323 încărcate la capacitate maximă, escortată de avioane Bf 109 și Ju 27, traversa Strâmtoarea Messina, când a fost interceptată de șapte escadrile de Spitfire și Mustang P-40. Douăzeci și unu dintre coloșii Me 323 au fost înecați în valurile Mediteranei, împreună cu o uriașă cantitate de echipamente de luptă.
Escorta germană, în schimb, nu a reușit să doboare decât trei P-40.
Din punct de vedere al designului, totuși, Me 323 era foarte rezistent și putea rezista unor tiruri grele din partea inamicului, dacă nu erau încărcate cu butoaie cu combustibil.
Producția lui Me 323 s-a oprit în aprilie 1944. În ciuda lentorii sale, el a continuat să zboare și după vara lui 1944.
Nu s-a păstrat nici un model intact până în zilele noastre, însă la Luftwaffemuseum der Bundeswehr de lângă Berlin este expus un lonjeron de aripă.
O epavă întreagă de Me 323 a fost descoperită în 2012 în mare, lângă La Maddalena, o insulă în apropiere de Sardinia. Colosul zace la circa 60 de metri sub apă, la o distanță de aproximativ 15 kilometri de coastă. El a fost doborât de un avion de luptă cu rază lungă de acțiune BritishBristol Beaufighter pe 26 iulie 1943, pe când zbura din Sardinia spre Pistoia.